La Marisma es una gran llanura aluvial, con una cota media de 1,35 m sobre el nivel del mar y una pendiente media inferior al 0,1%. Pequeñas variaciones en esta microtopografía producen variaciones en la hidrología del sistema y condicionan la distribución y abundancia de los seres vivos. En la Marisma se encuentran, entre otros, los siguientes elementos microtopográficos.
Lucios: Son grandes extensiones, en cotas bajas, dominadas por macrófitos acuáticos (cuando están llenos de agua) y por una orla de helófitos en la época seca. Realmente son como lagunas temporales ubicadas en medio de la marisma.
Caños y Quebradas: Son los grandes canales de circulación del agua superficial y las zonas laterales de los mismos. Su vegetación característica está constituida por la Castañuela (Scirpus maritimus) y los Bayuncos (Scirpus lacustris y Scirpus littoralis).
Paciles y Vetas: Son enclaves elevados, dentro de la microtopografía que se está describiendo. Aquí se instala vegetación que no resiste la inundación, constituida por especies de las familias de las Quenopodiáceas (entre las que destacan distintos tipos de Almajo: géneros Sarcocornia, Arthrocnemum y Suaeda), y las Gramíneas.
Componentes importantes de la vegetación de marisma son los macrófitos acuáticos sumergidos y flotantes. Son de aparición estacional primaveral y sirven de alimento a una gran variedad de herbívoros acuáticos. Pueden citarse como abundantes Ruppia drepanensis, Chara gallioide y Ranunculus peltatus.
Existen también una serie de comunidades anuales de carácter halófilo, entre las que destacan la Sapina (Salicornia ramosissima), la Cagalona (Suaeda splendens), la Carianchuela (Salsola soda) y el Matojillo (Cressa cretica) y especies pioneras de halonitrófilas como Frankenia sp. y Hordeum maritimun. Algunas de estas plantas son muy apreciadas por los grandes herbívoros y en especial por el ganado asilvestrado, que en Doñana pertenece a cuatro razas autóctonas (vacas Mostrenca y Marismeña y caballos Marismeño y de las Retuertas), que las comen en gran cantidad cuando aparecen cada año.
Además existe un tipo de marisma, la que bordea el río Guadalquivir, ocupada por plantas capaces de vivir en ambientes muy salinos, pues se inunda con la marea. En esta zona se ha adaptado muy bien una planta invasora de origen sudamericano, la Spartina densiflora, que puede llegar a provocar graves problemas, porque compite muy ventajosamente con otras plantas por el sustrato, así como porque incide sobre la dinámica de sedimentación en la marisma, dada su alta densidad de tallos y su elevada tasa de propagación.